校旗为两面。一面为蓝色，一面为白色。蓝色代表深邃、冷静，是呼和浩特第一中学的校色，取意于“青出于蓝而胜于蓝”，蓝色也是蒙古民族的吉祥色，象征广阔。白色代表纯洁无暇。中间图案由“徽标”和“呼和浩特第一中学”组成，上为“徽标”；下为“校名”，构成一个汉文“旦”的图形。
校旗象征“一中人”永远是清清白白做人，认认真真做事；象征“呼和浩特第一中学”象初升的太阳，在蓝天、白云间冉冉升起，蓬勃向上。
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